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El delta se divide entre una zona permanentemente inundada en el norte y una zona estacionalmente inundada en el sur. La zona norte contiene bosque de rivera inmediatamente adyacente a los arbolados áridos del Kalahari. La zona estacionalmente inundada tiene grandes de arbolado de hoja caduca.
Estos habitats diferentes dan la oportunidad al desarrollo de una fauna y una vegetación sorprendentemente variada y rica en especies de mamíferos, aves y anfibios, así como una amplia gama de especies vegetales diferentes.
En el noroeste del Delta, a 60 kms escasos de la frontera con Namibia se encuentra las Colinas de Tsodilo, célebres por su carácter sagrado para los Khoisan, con más de 350 lugares con pinturas rupestres, algunas tan curiosas como la cebra que aparece en el escudo nacional de Botswana, o pinturas de ballenas y pingüinos que sugieren el contacto entre los khisan y otros pueblos de la costa distante a casi mil kilómetros.
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